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O município de Borba está localizado no estado do Amazonas, na Mesorregião do Sul Amazonense, que engloba 10 municípios do estado distribuídos em três microrregiões, sendo que a microrregião à qual o município pertence é a Microrregião do Madeira, que reúne cinco municípios: Borba, Apuí, Humaitá, Manicoré e Novo Aripuanã. É distante 215 quilômetros de Manaus, capital do estado.
A área territorial do município é de 44.251,19 km², representando 2,8172% da área do estado do Amazonas, 1,1484% da área da região Norte brasileira e 0,5208% de todo o território brasileiro.[14] Desse total 3,1542 km² estão em perímetro urbano.